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前から github の 2段階認証の画面で「近くにデバイスを置け」ってでてくるけど、yubikey neo を置いたところで新しいタブで yubico のページが開くだけ(android chrome)で上手くいかなかったのでイライラしながら別の方法で認証していた。

Authenticating to GitHub using FIDO U2F via NFC - User Documentation

ということで Google Authenticator 入れたらできた。